Congés pour raisons de santé : de nouvelles règles pour les agents publics
Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie les règles applicables aux congés pour raisons de santé et aux temps partiel thérapeutique dans la fonction publique.
Ce texte concerne les agents publics civils et militaires, fonctionnaires comme contractuels, dans les trois versants de la fonction publique : État, territoriale et hospitalière.
Ces nouvelles règles vont se traduire très concrètement dans la vie des agents : un arrêt maladie, une reprise progressive, une rémunération à sécuriser, mais aussi, selon les situations de nouvelles dispositions, un contrôle, une formation ou une reconversion à envisager.
Pour la Fédération CFTC Santé Sociaux, la vigilance reste de mise : un arrêt de travail et la maladie ne doivent jamais devenir, par principe, des motifs de suspicion.
Ce qui change
Depuis le 1er août 2026, la procédure du temps partiel thérapeutique est davantage encadrée.
L’employeur dispose désormais de 30 jours maximum pour répondre à une demande. En cas de reprise après un congé long, la décision doit intervenir au plus tard le jour de la reprise.
Tout refus devra être motivé. Si le refus repose sur les nécessités de service, un entretien préalable avec l’agent est obligatoire. Si le refus repose sur un motif médical, l’avis d’un médecin agréé est nécessaire.
À partir du 1er septembre 2026, les arrêts de travail sont soumis à de nouvelles modalités. Ils devront être établis au moyen d’un formulaire CERFA sécurisé. La durée des prescriptions sera encadrée : 31 jours maximum pour un arrêt initial, puis 62 jours maximum en cas de prolongation, sauf situation particulière liée à l’état de santé.
Le maintien de la rémunération pourra dépendre du respect de certaines conditions. Des contrôles de présence pourront également être organisés. En cas d’absence injustifiée ou de refus de contrôle, la rémunération pourra être suspendue.
Des droits à ne pas oublier
Le décret prévoit aussi la possibilité, sous réserve de l’avis favorable du médecin agréé, de commencer ou de poursuivre une formation pendant un congé pour raisons de santé.
Cette mesure peut être utile pour préparer une reprise, une réadaptation, un reclassement ou une reconversion professionnelle.
Une protection est également prévue pour les agents arrivant en fin de droits à congé maladie ordinaire et qui attendent une décision relative à un congé de longue maladie ou de longue durée. L’objectif est d’éviter une rupture brutale de rémunération pendant cette période d’attente.
Syndicat CFTC Santé Sociaux